Record
Un dipneuste détient le plus grand génome animal assemblé annoncé en 2024
En 2024, le dipneuste sud-américain, Lepidosiren paradoxa, a fait l’objet du plus grand génome animal séquencé et assemblé annoncé à cette date : environ 90 milliards de paires de bases. Cela représente approximativement 30 fois la longueur du génome humain, en comparant un jeu de chromosomes chez chaque espèce. Une grande partie de cet ADN correspond à des séquences répétées. Cette longueur ne constitue pas, à elle seule, une mesure de la complexité de l’animal.
Sommaire9 parties
Le record
- Détenteur
- Dipneuste sud-américain, Lepidosiren paradoxa
- Mesure
- 91 milliards de paires de bases, soit 91 Gb, valeur publiée arrondie
- Date ou période
- 2024
- Établi par
- Schartl et al., Nature, « The genomes of all lungfish inform on genome expansion and tetrapod evolution »
Un génome environ 30 fois plus long que le nôtre
Lepidosiren paradoxa est un dipneuste qui vit dans les eaux douces d’Amérique du Sud. Son génome représente environ 90 milliards de paires de bases, une unité utilisée pour exprimer la longueur d’une séquence d’ADN. Les universités de Constance et de Wurtzbourg ont présenté en 2024 ce résultat issu d’une étude publiée dans la revue Nature.
La comparaison avec l’être humain donne une idée de l’échelle : le génome de ce poisson est approximativement 30 fois plus long, lorsqu’on compare un jeu de chromosomes chez chaque espèce. Le record annoncé porte sur le plus grand génome animal séquencé et assemblé à cette date. Des estimations de quantité d’ADN existent pour d’autres animaux, mais elles ne correspondent pas toutes à un assemblage de référence.
Lire l’ADN, puis retrouver l’ordre des fragments
Pour établir ce résultat, les chercheurs ont séquencé l’ADN du poisson : ils ont lu l’ordre de ses bases, représentées par les lettres A, T, C et G. Ils ont ensuite assemblé ces lectures afin de reconstruire des séquences beaucoup plus longues. La taille annoncée correspond à un génome de référence représentant un jeu de chromosomes, plutôt qu’à l’addition de tout l’ADN contenu dans le corps du poisson.
La difficulté vient notamment des régions répétées. Lorsque des fragments très semblables apparaissent à de nombreux endroits, leur position devient difficile à retrouver. Dans un assemblage de génome, de longues lectures d’ADN et des informations sur l’organisation des chromosomes peuvent aider à lever ces ambiguïtés. La taille indiquée ici reste arrondie : environ 90 milliards de paires de bases.
Beaucoup d’ADN répété, sans mesure directe de la complexité
L’étude relie l’expansion du génome à l’accumulation de séquences répétées, notamment d’éléments transposables. Ces éléments sont des portions d’ADN capables de se déplacer ou de produire de nouvelles copies dans le génome. Au fil de l’évolution, leur multiplication peut augmenter fortement la quantité totale d’ADN, sans augmentation comparable du nombre de gènes.
La taille du génome ne permet donc pas, à elle seule, de classer les animaux selon leur intelligence ou leur complexité. Le fonctionnement d’un organisme dépend aussi de la manière dont ses gènes sont utilisés et régulés. Une séquence répétée peut avoir des effets biologiques, mais chaque copie supplémentaire ne correspond pas à une nouvelle capacité du poisson.
Un record génétique ne donne aucune consigne de maintenance
Vous ne pouvez pas déduire le volume d’un aquarium, la température de l’eau ou la compatibilité entre poissons à partir de la taille de leur génome. Pour préparer une maintenance, il faut examiner les besoins propres à l’espèce, notamment sa taille adulte et son milieu de vie. Une cohabitation demande aussi de tenir compte du comportement des poissons. La quantité d’ADN ne fournit pas de mesure directe de leur tolérance à une mauvaise qualité d’eau.
Le dipneuste sud-américain possède des poumons et respire de l’air : cette particularité biologique concerne davantage ses besoins que son record génétique. Son corps allongé et ses nageoires fines ne doivent pas le faire confondre avec un petit poisson adapté à un aquarium familial. Avant toute acquisition, demandez conseil à un spécialiste de l’espèce ; pour un poisson malade, adressez-vous à un vétérinaire compétent en animaux aquatiques.
Le saviez-vous ?
- Une paire de bases correspond à l’association de bases complémentaires entre les deux brins de l’ADN. C’est une unité de longueur du génome, et non un décompte des gènes.
- Le dipneuste sud-américain possède des nageoires paires très fines, d’aspect filamenteux, qui contrastent avec son long corps.
- Parmi les poissons actuels, les dipneustes forment le groupe le plus proche des tétrapodes, qui comprennent notamment les amphibiens et les mammifères. Les espèces vivantes de dipneustes ne sont toutefois pas nos ancêtres directs.
Mini-quiz
Question 1 sur 3
Quel poisson a fait l’objet de ce record publié en 2024 ?
Voir la réponse
Réponse : Le dipneuste sud-américain. Le génome de Lepidosiren paradoxa, le dipneuste sud-américain, a été séquencé et assemblé. Sa longueur annoncée est d’environ 90 milliards de paires de bases.
Question 2 sur 3
Qu’exprime la valeur d’environ 90 milliards de paires de bases ?
Voir la réponse
Réponse : La longueur de son génome de référence. Les paires de bases servent à exprimer la longueur de l’ADN. Le génome comprend des gènes, mais aussi de nombreuses autres séquences, dont des régions répétées.
Question 3 sur 3
Que permet de déduire un génome particulièrement grand pour un aquarium ?
Voir la réponse
Réponse : Aucune consigne de maintenance à lui seul. Les besoins en aquarium doivent être établis à partir de la biologie et du milieu de vie de l’espèce. La taille du génome ne donne ni volume adapté ni garantie de compatibilité.
Questions fréquentes
Le dipneuste possède-t-il environ 30 fois plus de gènes que l’être humain ?
Le rapport d’environ 30 concerne la longueur totale du génome, pas le nombre de gènes. La comparaison porte sur un jeu de chromosomes chez chaque espèce. Une grande partie de l’ADN du dipneuste correspond à des séquences répétées. On ne peut donc pas convertir ce rapport en nombre de gènes, en intelligence ou en complexité.
Pourquoi préciser que le record concerne un génome séquencé et assemblé ?
La quantité d’ADN peut être estimée sans lire toute sa séquence. Séquencer et assembler un génome demande de lire les bases puis de reconstruire leur ordre, malgré les répétitions. Le résultat publié en 2024 concerne ce travail de reconstruction ; il ne faut pas le confondre avec un classement de toutes les estimations de taille de génome.
Sources
- Nature, Schartl et al., « The genomes of all lungfish inform on genome expansion and tetrapod evolution » (2024) nature.com
- FishBase, Lepidosiren paradoxa fishbase.se
Rédaction d’Aquanoo. Faits relus le , prochaine revue prévue en .
Chaque valeur chiffrée a été comparée aux sources citées par une seconde relecture. Ces pages synthétisent des sources publiques sans en reprendre le texte ; pour la santé d’un poisson, adressez-vous à un vétérinaire formé aux poissons.